昆山注册公司时，小规模纳税人和一般纳税人的主要区别如下：

1. 定义不同：小规模纳税人是指年应征增值税销售额≦500 万元的纳税人；一般纳税人是指年应征增值税销售额＞500 万元的纳税人。年应税销售额，是指纳税人在连续不超过 12 个月或四个季度的经营期内累计应征增值税销售额，包括纳税申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额。年应税销售额未超过规定标准的纳税人，会计核算健全，能够提供准确税务资料的，也可以申请为一般纳税人。
2. 计税方式不同：小规模纳税人适用简易计税方法；一般纳税人适用增值税一般计税方法，但一般纳税人发生财政部和税务总局规定的特定应税行为，可以选择适用简易计税方法计税，不过一经选择，36 个月内不得变更。
3. 增值税纳税期限不同：小规模纳税人可以选择以 1 个月或 1 个季度为纳税期限，一经选定，一个会计年度内不得变更；一般纳税人通常以月为纳税期限，但特殊情况除外。
4. 适用税率不同：小规模纳税人适用增值税征收率 3%、5%；一般纳税人适用增值税税率 13%、9%、6% 以及 0 四种，一些特殊业务可以按简易计税方法，适用征收率 3%、5%。
5. 增值税发票使用不同：小规模纳税人销售货物、提供应税劳务或服务等，一般只能自行开具增值税普通发票，特定行业或情形可以自行开具增值税专用发票（销售其取得的不动产除外），不符合特定行业或情形则需要去税务机关代开专用发票，只能按征收率开具；一般纳税人销售货物、提供应税劳务或服务等，可以自行开具增值税普通发票和增值税专用发票，一般按基本税率开具，简易计税方法下按征收率开具。
6. 享受的税收优惠政策不同：小规模纳税人月销售额不超过 15 万或每季度销售额不超过 45 万，免征增值税（2022.4.01-2022.12.31 期间，按 3% 征收的小规模纳税人开普票免征增值税）；而一般纳税人无法享受该项政策。不过，小规模纳税人的税收优惠政策可能会因时间和具体政策调整而有所变化，建议关注当地最新的税收政策。

1. 公司的规模和业务发展预期：如果公司规模较大，预计年销售额可能会超过 500 万元，或者业务发展较快，可能更适合选择一般纳税人。
2. 客户需求：如果客户主要是大客户，可能对增值税专用发票有较高要求，此时申请一般纳税人可能更有利于业务开展。
3. 进项抵扣情况：如果公司能够取得较多的可抵扣进项发票，一般纳税人在一定程度上可能缴的税更少。
4. 行业特点：不同行业的税率和税收政策可能有所不同，可以根据行业特点进行综合考虑。